在交易制度上，主板市场与中小企业板块有一些不同之处，因此，在投资上也存在一定的差异。投资者需要加以了解并注意这些投资要点，特别要注意集合竞价的差别。
1、目前主板市场每天只有一次集合竞价，中小企业板每天有两次集合竞价，第二次是收盘集合竞价，时间为14：57至15：00。
2、上午9：20至9：25之间，深圳证券交易所主机不接受中小企业股票的撤销申报。
3、由于中小企业股票的收盘价通过收盘前最后三分钟集合竞价的方式产生，一些习惯于在尾盘操作的投资者要注意，这段时间是不可以连续竞价买卖的。
4、中小企业板块股票在开盘集合竞价期间，深交所主机即时揭示中小企业股票的开盘参考价格、匹配量和未匹配量，增加了开盘集合竞价的透明度。投资者要将匹配量和未匹配量作为新的分析指标，研判开盘价背后的实际买卖情况，了解主力资金的动向。
中小企业板块不仅要像主板一样，对涨跌幅偏离值达到±7%的各前三只股票披露，还增加了日价格震幅达到15%的前三只股票、日换手率达到20%的前三只股票做披露的规定。
另外，规定中小企业股票交易属于异常波动的应当停牌。与主板市场有明显区别的是，对于异常波动范围的界定，还增加了换手率异常的新条件：即连续三个交易日内日均换手率，与前五个交易日的日均换手率的比值达到30倍,并且该股连续三个交易日内的累计换手率达到20%的。
对于这类换手率异常的股票，投资者要坚决回避；如果处于赢利状态的，要立即获利了结，以免被交易所的停牌耽误操作。