就目前来说，并购贷款因其自身操作的复杂性和风险性在国内的应用还比较少见。那么它的风险主要有哪些呢？
从法律层面来说，风险主要体现在如下几方面：
首先，未进行详尽和有效的法律尽职调查。这将会是一个总括性的风险来源。尽职调查（银行实践中也称为授信调查）是商业银行贷款业务中的一项重要工作内容，特别是中长期贷款和项目贷款，调查和分析会更加深入和全面。并购本身具有复杂的特性和高风险性，这就需要银行对与并购相关的各个事项——包括主体资格、资产与业务、交易结构、担保安排、批准与登记、劳动关系、关联交易、诉讼与合规、对外投资等，进行深入全面的调查和分析。这对商业银行提出了很大的挑战，一方面缺乏针对并购的法律调查经验，另一方面，目前国内经验丰富的人才还比较稀缺。
其次，来自于交易结构和并购方式的法律风险。并购方会从未来整合的需要、减少税负以及审批的简便性等各个角度提出不同的交易结构。比如，为降低审批级别，可能会分拆项目；为降低税负，可能会规避甚至挑战法律规定。此外，相对于资产收购，股权收购中并购方会承接目标企业的全部既有风险，而把贷款借给为并购目的新设的子公司，则贷款风险就会集中在这家并无其他现金流和资产的子公司身上，银行只能依赖于担保安排或者其他法律安排进行风险控制。因此，在不同的交易结构和并购方式下，风险的来源和程度也会有所不同。
第三，担保通常是有效的风险防控手段，但不当或不合理的担保安排也可能导致风险的产生。银行对于担保工具的选择和安排是富有经验的。但由于在实践中提供有价值的担保并不是一件容易的事情，因此，在具体的并购贷款中，借款人可能会提出以目标企业的股权或资产进行质押或抵押，这就要求银行对目标企业的股权或资产进行全面有效的评估。
第四，政府的批准与许可也是容易发生风险的地方。如果并购交易的批准程序不当，就会埋下风险隐患。
第五，并购贷款的最终归还主要依赖于借款人和/或目标企业。而如果它们的资产取得或经营方面存在重大的合法性问题，就会影响到贷款的安全性。